Ist ein Bakterium unempfindlich gegenüber dem Antibiotikum, spricht man von Resistenz. Antibiotikaresistenzen sind heute, nicht zuletzt dank allzu großzügiger Anwendung von Antibiotika bei Mensch und Tier, ein ernstes Problem in der Medizin. Das Risiko besteht darin, dass Antibiotika dann, wenn sie wirklich einmal bei einer schweren Infektion wirken müssen, nicht mehr wirken: So sind einige Erreger inzwischen sogar gegen mehrere oder fast alle verfügbaren Antibiotika resistent. Methicillin-resistente Staphylokokken (MRSA, auch multiresistente Staphylokokken genannt), gegen die nur noch zwei oder drei Antibiotika helfen, haben vor allem in Krankenhäusern rapide zugenommen, und man kann ihnen dort oft nur durch strenge Hygiene- und Isolierungsmaßnahmen wieder Herr werden.

Um bei einer Erkrankung das verantwortliche Bakterium auf jeden Fall zu „erwischen“, verordnen manche Ärzte gerne Breitbandantibiotika. Das mag im Einzelfall seine Berechtigung haben, ist jedoch auf breiter Front der falsche Weg: Nach Möglichkeit sollten Engspektrumantibiotika eingesetzt werden, am besten nach Antibiogramm. Die ungezielte Anwendung von Breitbandantibiotika fördert die weitere Ausbreitung von Resistenzen. Bei gleicher Wirksamkeit sollten ältere Antibiotika gegenüber neueren bevorzugt werden, um letztere nicht „zu verschleißen“ – zudem ist das neueste (und teuerste) Präparat längst nicht immer das beste und schon gar nicht das nebenwirkungsärmste, denn Engspektrumantibiotika ziehen die physiologische Bakterienflora weniger in Mitleidenschaft und ältere Antibiotika sind vom Nebenwirkungsprofil meist gut bekannt.