Im letzten Darmabschnitt, dem 15–20 cm langen Mastdarm (Rektum), sammelt sich der eingedickte Stuhl. Der obere, erweiterte Abschnitt des Mastdarms wird als Ampulle (Ampulla recti), der untere, 3–6 cm lange Abschnitt als Analkanal (Canalis analis) bezeichnet. Dieser bildet den Abschluss des Verdauungstrakts und mündet in den Anus (After), die untere Öffnung des Magen-Darm-Kanals.

Der Anus ist durch zwei Ringmuskeln verschlossen. In der Übergangszone zwischen Darmschleimhaut und äußerer Haut (Linea dentata) befindet sich die Hämorrhoidalzone (Plexus hämorrhoidalis), in der ein arterio-venöses Gefäßgeflecht liegt, das mit der Mastdarmarterie in Verbindung steht und zusammen mit den beiden Ringmuskeln den Enddarm abdichtet. Wird von oben durch den Darminhalt Druck ausgeübt, empfindet man Stuhldrang. Bei der Darmentleerung (Defäkation, Stuhlentleerung) erschlaffen die Schließmuskeln und der Darm kann sich entleeren. Die Darmentleerung wird dabei willentlich gestartet, läuft aber dann unwillentlich ab.